三重四極桿型質譜儀是一種應用很廣的空間串聯質譜儀。它的分析器是串聯起來三組四極桿。其中第一級四極桿用于母離子的選擇，第二級四極桿作為碰撞室使用，第三級四極桿用于由母離子裂解生成的子離子的檢測。這種MS/MS儀可以得到低能碰撞的CID譜。屬于低分辨質譜儀。具有母離子掃描、子離子掃描、中性碎片丟失掃描的功能。可以用來進行有機化合物的結構分析和目標化合物的快速篩查。不但可以定性分析，更適合用于定量。

　　物質氣化后以分子狀態進入三重四極桿型質譜儀，經過燈絲發射的電子轟擊后，形成各種不同碎片，有的失去氫，有的失去一個基團，有的成為更小的碎片，碎片進入四極桿后，四極桿通過不同電的方向變換。碎片通過四極桿時，由于碎片質量和所帶電核不同，其會隨四極桿電方向變換而改變前進方向，帶電碎片到達終點的時間不同，其方向變換也會過快或過慢的撞到四極桿而不能被檢測，中間的碎片會按質荷比由小到大的順序先后到達接受端，而被檢測出。

　　目前，三重四極桿型質譜儀被廣泛的應用于色譜-質譜聯用中。通過多個四級桿的串聯使用，可以實現多重質譜分析，從而獲得待測物的結構信息。四級桿質譜儀每次只允許單一荷質比的離子通過，在掃描較大質量區間時，四級桿質譜儀所需的時間要遠遠大于飛行時間質譜，軌道離子阱質譜，線性離子阱等使用脈沖采樣方式的質譜儀。